En 1813, como resolución a una de las peticiones llevadas ante las Cortes de Cádiz por el representante chiapaneco don Mariano Robles, Comitán tomó el título de ciudad, la segunda de la provincia. En consecuencia, en Santa María de Comitán se dio la convivencia del tradicional cabildo indio con autoridades ladinas, situación que persistió hasta febrero de 1821. Otra de las peticiones en Cádiz fue la autonomía provincial respecto de Guatemala, viejo anhelo de los chiapanecos que se agudizó con la llegada de los ecos de la guerra independentista mexicana. En el proceso de búsqueda de esa autonomía tuvo un importante papel la creación, en 1819, de la Sociedad Económica de Amigos del País de Chiapa, una agrupación de notables ciudadanos preocupados por el progreso material y moral de su terruño.

En agosto de 1821 ya habían llegado a Comitán las noticias de la inminente entrada del ejército trigarante a la Ciudad de México. El día 28 de ese mes, en la misa al alba en la iglesia de San Sebastián, el párroco Fray Matías de Córdova convocó a una misa solemne a las 8 de la mañana en Santo Domingo para tratar la cuestión de la independencia de Chiapas. En ella, Fray Matías arengó a los comitecos para que declararan libre de España a su ciudad. En reunión posterior, llevada a cabo en la sala capitular del convento, los notables del poblado manifestaron su temor de adelantarse a las autoridades guatemaltecas pero, según la leyenda, fueron convencidos por la intervención de Josefina García, quien propuso que los hombres se quedaran a cuidar las casas, mientras las mujeres partían a la frontera. La memorable jornada concluyó en el cabildo con la firma del acta de independencia de Comitán, la primera de la América Central, que fue secundada el 3 de septiembre por Ciudad Real y el 15, por toda la capitanía de Guatemala.

La provincia de las Chiapas, unida como el resto de América Central al imperio de lturbide en enero de 1822, quedó, ante la caída del efímero reinado, en una situación política ambigua, lo que condujo a la convocatoria, en abril de 1823, para crear una junta que nombrase delegados que decidieran su destino. En esa junta, el delegado del partido de Los Llanos fue Ignacio Ruiz. La junta se erigió como Provisional Gubernativa, pero fue desconocida y disuelta por Vicente Filisola, comandante de las fuerzas mexicanas, en septiembre de 1823, hecho que produjo un profundo descontento en Comitán y Tuxtla. Los comitecos Ricardo Armendáriz, Francisco de Villatoro, Domingo Ruiz, José Alvarez, Matías Solís, Narciso Gordillo, Claudio León y Jacinto Argüello proclamaron entonces el Plan de Chiapa Libre el 24 de octubre de 1823 declarando que la provincia era libre e independiente de México y que tenía la facultad para decidir su propio destino.

La Junta Gubernativa, repuesta en Ciudad Real, convocó el 24 de marzo de 1824 a todos los partidos que componían la provincia a expresar su deseo de agregarse a México o a las recién creadas Provincias Unidas de América Central. El partido de Llanos se inclinó por México que fue además el deseo mayoritario de los chiapanecos. El 12 de septiembre de 1824 se hizo en Ciudad Real la declaración de federación a la República Mexicana y el día 14 se llevó a cabo, con te deum en la catedral, la proclamación solemne. Con tal motivo en Comitán se llevaron a cabo los días 3, 4 y 5 de octubre de 1824, grandes festejos que incluyeron corridas de toros. En la plaza principal don Marcial Gordillo recitó una loa compuesta para tan gran ocasión por don José Joaquín Guillén